El consejo Científico del CIEDA es el órgano administrativo superior. Está constituido por el Director y Subdirector del Centro, Directo de la Escuela de Economía Agrícola y el personal docente de la Universidad de Costa Rica que tenga al menos la categoría de profesor asociado, o en su defecto un título de posgrado en disciplinas relacionadas con las actividades del CIEDA, y que tengan inscrito en el centro al menos medio tiempo e investigación, acción social y/o servicios. Este Órgano buscara una efectiva integración de los diferentes proyectos.